普通に取り出して減らして大丈夫です。
まず株を間引く
水面いっぱいまで増えたら、まず根を全部切るより、増えすぎた株そのものを間引きます。
株数を減らせば、水面の空きと根の量を一緒に減らせます。
私の水槽では、長く伸びた根を切って水槽へ戻したこともあります。

根だけ長いとき
根の長さだけが気になる株なら、水槽から取り出して清潔なハサミで一部を切り戻せます。

ただ、全部の株を一度に根元ぎりぎりまで短くする必要はありません。
水面をほとんど覆うと、下の水草へ光が届きにくくなり、フィルターの水流も邪魔します。
「増えた分は残さないとかわいそう」と考えず、水槽全体に合う量へ間引いてください。
捨てる場合は、川や池へ流さず、自治体のルールに従って家庭ごみとして処分します。

